Regeringen har utsett ett insynsråd som ska utöva insyn i verksamheten och ge myndighetschefen råd. Följande personer är ledamöter i Polarforskningssekretariatets insynsråd under 2019:
- Stefan Claesson, professor, Naturhistoriska riksmuseet
- Lena Gustafsson, professor och rektor, Umeå universitet
- Anna Jöborn, avdelningschef, Havs- och vattenmyndigheten
- Lennart Nordh, tidigare forskningschef, Rymdstyrelsen
- Peter Sköld, professor, Umeå universitet
- Mark Marissink, biträdande avdelningschef, Naturvårdsverket
- Nina Wormbs, universitetslektor, Kungliga Tekniska Högskolan
Polarforskningssekretariatets direktör är ordförande i insynsrådet och håller rådet informerat om verksamheten.